继续延续上一季的剧情
，原来穆德受了骗
，实时觉察过失后和史考莉勾通好来骗政府高层
，以潜入一个“作为一个通俗FBI特殊探员不应进入的地方”搜集需要的资料。本季生长越来越精彩
，一些没有被完全刷新的混血外星人联合起来对抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除
，但今年却泛起了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位着名科幻小说家操笔
，客串写出两集剧本。另外今年也有一集笑剧。整出X档案为了配合影戏的上映
，加入了一些角色及内容
，“辛迪加”组织的阴谋越来越显着
，穆德再一次靠近事实的真相。穆德前女友的泛起也对穆德与史考莉间的关系做出重大磨练。该季竣事于吸烟人销毁了所有X档档册宗。