民国初年，燕子门第十二代掌门人李耀被叛徒出卖，落入宛城巡防主座虞大寿(计春华 饰)之手，虞大寿为防李耀逃跑遂将其大筋挑断
。

陌头闹市，说书艺人"铁嘴霸王"正慷慨激昂地讲述台甫鼎鼎的江湖英雄燕子李三的传奇故事，听众中，一个衣衫褴褛的小男孩听得格外入迷
。不料，书场被虞大寿带兵查封，小男孩抖擞对抗却被虞大寿打翻在地
。

燕子李三行刑这一天，沿途挤满了送行群众
。李耀师弟 李显(六小龄童 饰)带着众徒弟混杂在群众中伺机而动
。这时，小男孩捧着馒头冲到囚车旁给老燕子李三(何家劲 饰)送行
。虞 大寿见又是小男孩来扰乱不由震怒，鞭打小男孩，现场陷入杂乱之中
。李显见状趁机下手，将囚车劫走
。逃亡中李耀不幸中枪，死于横死
。

李显徒弟 李云飞(陈龙 饰)和 李云馨(李彩桦 饰)退却时，被小男孩紧随至客栈，小男孩儿自述对燕子李三的敬重，向李显叩头拜师
。李显因无法考察其泉源，在小男孩叩头之际带着云飞云馨悄然离去
。

李显得知李耀所携掌门信物"燕子金镖"被虞大寿高悬于城门之上，以诱捕燕子门师徒
。明知是圈套，李显却仍要将掌门信物夺回
。他自己引开匿伏的部 队，派云飞和云馨去拿"燕子金镖"，不料虞大寿早有准备，云飞和云馨陷入逆境
。要害时刻，小男孩自告奋勇，协助云飞拿到了"燕子金镖"
。

小男孩再次拜师，向李显讲述了他的凄苦身世，原来虞大寿与他有杀亲之仇，他为报复一心想拜在燕子门下
。李显叹息小男孩的胆识，一摸骨相，发明是块练轻功的好质料，遂在客栈将其收入门下，为他取名" 李云龙(刘峰超 饰)"
。

为了引开虞大寿派来的追兵，李显与众江湖人士举行了一场殊死屠杀，不幸在打斗中身负重伤，危难中被日本医生五咸长满所救
。李显伤愈后应允为五咸办三件事以酬金其救命之恩，并留下三枚玄色燕子标记作为凭证
。

一晃数年，燕子门第十三代学生李云飞、李云馨、李云龙都已长大成人，新一代燕子三杰重出江湖
。