朝廷同时任命沈葆桢任钦差大臣，赴台湾处置惩罚军务。　　刘永福派曾阿富将牺牲的黑旗军弟兄们的骨灰带回广西老家,并护送刘永福妻小回去见母亲，让义子认祖归宗。　　广西巡抚潘改革衔命拘捕刘永福妻小，而广西提督冯子材深敬刘永福其人，设计解救，后因此事，被免职，归家养老。越南国王望刘永福驻留，条件是入越南籍，刘永福不肯。他想起冯提督曾写书信，希望他回国报效，决议去镇南关找冯子材联合抗法。潘改革在镇南关设下圈套准备清剿黑旗军，刘永福因不肯双方相残而退却。此时，越南国王也赞成让他保存国籍，以客军身份驻扎。　　沈葆桢全心妄想,欲痛击已上岸的日军，却突然收到朝廷密令“衅不我开”，只好按兵不动。沈请旨应战，西太后借机教育同治帝,此事也改由恭亲王出面与日方谈判。台湾战事影响其它列强的商业往来，他们向朝廷抗议，清廷措手缺乏。　　1874年10月31日,举棋未必的清廷拒绝了沈葆桢的请战，同日本签署《中日北京专条》。不久，同治帝辞世，光绪帝登位。光绪五年，日本以北京专条为由,正式吞并琉球国，改为冲绳县。