龙马来到船宿寺田屋，见到酷似亡母阿幸的老板娘登势连忙决议住在这里，他说自己准备去神户学习驾船和战术，登势希望他能加油，为日本的未来好好起劲。此时，龙马心中的一盏灯似乎被点亮了一样平常，他回到神户训练所，和各人一起投入训练。长州藩自八月十八日政变后被赶出京城，又在池田屋事务中失去了许多同伴，他们终于决议抖擞对抗。久坂妄想进攻天皇的御所，桂差别意，不然长州会酿成朝敌。元治元年七月，长州为了夺回天皇进军京城，与会津藩战斗，这就是厥后的蛤御门之变。长州和幕府开战后京城陷入战火之中。长州深信只要控制天皇就能成为官军，可是萨摩藩却撕碎他们美梦。在水师训练所学习的龙马也得知了战事，他亲自到京城看了战况，战争带来的悲剧让他不知所措，他在战火纷飞中遇到了立誓报复的桂小五郎(谷原章介 饰)，还把阿龙救出交给登势照顾。幕府内部也起了不同，一桥庆喜以为应彻底肃清长州，而胜麟太郎则以为应阻止内战，而他的职位和训练所都因此受到威胁。